Olá Alexandre,
Procurei na internet e no site do IBAMA e não achei nenhuma nota oficial sobre a proibição da captura de Neons e/ou outras espécies ornamentais provenientes da bacia Amazônica.
A Regulamentação da captura de espécies ornamentais no Brasil é uma questão complicada, acho muito difícil que haja uma proibição de 100% por parte do IBAMA, já que as comunidades locais dependem diretamente da pesca para seu sustento, o que pode ser feito (se já não é) é uma espécie de "Defeso", proibindo a captura das espécies em seu período de reprodução.
Segue abaixo alguns links interessantes sobre o assunto:
http://www.comciencia.br/reportagens/amazonia/amaz21.htm
http://clipping.planejamento.gov.br/Noticias.asp?NOTCod=272146
http://www.agenciabrasil.gov.br/noticias/2006/09/19/materia.2006-09-19.4561393554/view
De qualquer forma me parece que a reprodução do Neon (Paracheirodon innesi) já é realizada com sucesso em cativeiro, dê uma olhada neste artigo (Em Françes):
http://www.forumaqua.com/article-507-la-reproduction-des-petits-ovipares.html